Sur le principe oui, mais pas systématiquement, parce que dans les faits, c’est compliqué : il y a des coms auxquels on ne peut pas vraiment répondre (coms anonymes), d’autres qui n’appellent pas de réponse (j’en ai reçu qui disaient merci pour une traduction, pas de raisons d’y répondre, à moins qu’il n’y ait une question dedans).
En tant qu’auteur, je n’ai jamais aimé l’aspect communautaire des sites de fanfic, alors j’ai déjà envisagé de ne plus répondre du tout. Mais, honnêtement ça me paraît vraiment “pas correcte” (j’ai l’impression de faire honte à mon éducation 
)
Du coup, je préfère répondre, même si c’est juste un merci (mais j’essaie de toujours personnaliser le message).
J’ai un avis tranché (
) là-dessus, les avis (non sollicités) négatifs, c’est non.
Sauf indication contraire, l’auteur n’a rien demandé à personne. Rien n’oblige le lecteur à lire, ou à laisser un com.
Quant à l’argument “aider” ça me laisse perplexe. Je ne connais pas l’auteur, ses objectifs (ce qu’il souhaite améliorer ou non, ou même s’il souhaite s’améliorer), ses goûts, ses difficultés (je ne précise pas partout que je suis dyslexique (sur les sites eux-mêmes, presque sûr que ce n’est mentionné nulle part)). Et d’ailleurs, l’aide serait sûrement plus utile quand le processus d’écriture est en cours, et pas quand le texte est fini et posté.
Dans ces conditions, un com négatif sera au mieux agaçant, au pire décourageant (mettons-nous cinq minutes à la place de quelqu’un qui vient juste partager quelque chose qu’il aime et se retrouve avec un tas de messages plus ou moins agressifs qui lui explique qu’il ne sait pas écrire).
En tant qu’auteur, il m’est arrivé (heureusement une seule fois) de devoir répondre (poliment !) à un pavé (critique) très long, laissé par une personne ne maîtrisant pas le français et pointant du doigt des bouts de phrases qui ne se trouvaient même pas dans mon texte (en plus écrit à la va-vite). Ça m’avait légèrement agacé.
En tant que lecteur, ça fait quelque temps que je ne laisse plus de com (d’une part pour les raisons évoquées plus haut, mais surtout parce que… je ne lis plus)(j’essaie de m’y remettre).
Sinon, ça ne m’a jamais dérangé qu’on réponde à mes commentaires (ou qu’on y réponde pas, d’ailleurs).