Je passe donc à mon point n°1 : la comparaison et la métaphore…
Oui, mission parfaitement accomplie ! 
Euh… J’ai un peu de mal, mais je vais partir de la figure de style de base : la comparaison, c’est un créer un point commun entre deux choses à l’aide d’un outil de comparaison (comme, tel que, semblable, ressembler à…) ; ainsi, au début de ton texte, tu dis que les arbres surgissent du sol « tels d’antiques spectres » : c’est une comparaison. Dans la tête du lecteur, ça se traduit par « on dirait que les arbres sont des spectres ». Ça établit une certaine distance, on voit bien que c’est « seulement » l’impression du narrateur (ou du personnage). Au début de ton texte, cela sert à poser le décor, à instaurer une atmosphère oppressante, mais il y a toujours une petite prise de recul en raison de ces outils de comparaison (« comme une voix… » ; « comme une chape de plomb ») et c’est très bien comme ça.
Cependant, par la suite, tu continues à utiliser le même procédé alors qu’une métaphore (c’est-à-dire une comparaison sans outil de comparaison) permet d’établir une assimilation plus forte entre les deux termes (le comparant et le comparé) ; je donnerai quelques exemples de Victor Hugo (oui je sais, c’est pas le modèle le plus simple à suivre, mais ça donnera une bonne idée de ce que je veux dire et puis Hugo, c’est le roi de la métaphore) :
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« Javert sérieux était un dogue ; lorsqu’il riait, c’était un tigre »
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« Madeleine leva la tête, rencontra l’œil de faucon de Javert toujours attaché sur lui, et sourit tristement. »
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« Elle avait pour tout domestique Cosette : une souris au service d’un éléphant. »
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« Il avait pitié d’un crapaud, mais il écrasait une vipère. Or c’était dans un trou de vipères que son regard venait de plonger. »
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« Gavroche, fusillé, taquinait la fusillade. Il avait l’air de s’amuser beaucoup. C’était le moineau becquetant les chasseurs. »
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« Il était troublé ; ce cerveau, si limpide dans sa cécité, avait perdu sa transparence ; il y avait un nuage dans ce cristal. »
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« Certes, cela était étrange, que le chauffeur de l’ordre, que le mécanicien de l’autorité, puisse être désarçonné par un coup de lumière ! »
On voit que dans tous ces exemples, il n’y a PAS d’outil de comparaison.
Dans les deux premiers, Javert est non pas comparé, mais assimilé à un dogue (chien de garde = l’autorité), à un tigre (animal sauvage = férocité) et à un faucon, dont il a l’œil (vivacité, perspicacité, observation).
Il en est de même pour Cosette (la souris) au service de la Thénardier (l’éléphant) : cette toute petite fille est maltraitée par une énorme femme et le décalage entre les deux animaux fait d’autant plus ressortir ce contraste (et donc l’injustice de la situation), mais à aucun moment Hugo ne dit « Cosette ressemblait à une souris » ou « Mme Thénardier était semblable à un éléphant » : on a immédiatement la vision de la souris tremblant au pied de l’éléphant qui peut l’écraser…
Le crapaud et la vipère : Marius vient de se rendre compte que ses voisins projettent l’assassinat du père de la femme qu’il aime. Donc, des vipères qui s’apprêtent à mordre et que Marius va donc essayer d’arrêter – d’ « écraser ». Le « crapaud » (pas de comparaison avec un personnage, c’est une généralité) représente la laideur physique mais non morale, alors que la vipère est associée au venin et donc à l’assassinat.
Pour Gavroche, le procédé est le même que pour Cosette : Hugo ne dit pas « Gavroche semblait un moineau », il EST un moineau qui agace les chasseurs (les chasseurs = les soldats en face de lui qui lui tirent dessus).
Enfin, les deux derniers exemples concernent Javert : on a tout d’abord la métaphore du cerveau = cristal qui se trouble. S’ajoute à cela le double sens du mot « troublé » : sens psychologique (il ne sait plus où il en est) et sens physique (l’eau, ou ici le cristal, normalement transparent(e) est « trouble », on ne voit plus clair au travers). Puis il y a une deuxième métaphore, celle du conducteur de train (le titre du chapitre est « Javert déraillé ») : Javert est qualifié de « chauffeur de l’ordre », « mécanicien de l’autorité » (association d’un mot se référant au train et d’un mot se référant à la loi = Javert, inflexible, qui ne veut pas sortir de la loi, à aucun moment, et qui pourtant vient de le faire car il a eu une « illumination », celle de la bonté).
J’ai pris tous ces exemples pour montrer qu’à aucun moment Hugo ne compare deux termes : il fait comme si l’un était l’autre. Cosette est une souris, Javert est un dogue, les voisins de Marius sont des vipères, Gavroche est un moineau, etc, etc… L’image est ainsi beaucoup plus frappante et directe. Pour en revenir à ta description, on voit bien que la ville « ressemble à » une tombe, qu’on « dirait » une tombe, mais l’image est moins marquante que si on montre qu’elle EST une tombe. D’où mes remarques sur les comparaisons « L’absence de bruit leur donna le sentiment de s’être engagés à l’intérieur d’un tombeau », « L’intérieur des remparts ressemblait à un cimetière. » « des structures similaires à des tombes », qui, je trouve, rendent l’image moins percutante. Je ne sais pas si j’ai été claire, et il ne s’agit peut-être que d’un ressenti personnel. N’hésitez pas à me dire si vous pensez que je radote complètement !!! 
Je reviendrai sur ce point dans le texte de @ChiaraCadrich car il s’agit d’une comparaison (1ère phrase : « comme ») qui continue ensuite en métaphore (pas d’outil de comparaison).