Cela me rappelle mes cours de philo : peut-on, faut-il, doit-on ?
Possibilité technique ou matérielle ; nécessité ; obligation morale.
Comme l’a dit BakAppke, tu peux insérer autant de références que tu veux dans tes textes, c’est toi qui rédiges, tu es libre de ton intrigue.
Toutefois si tu voulais répertorier ces choix pour le classement de ta fic, seul le crossover sur 2 fandoms est possible.
Ou bien l’abandon des fandoms pour publier dans « Multi-crossover » qui est ce qu’il annonce : un fourre-tout.
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Devoir moral ? Pas pertinent pour ta question-ci. 
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Reste la question « est-ce nécessaire ? » et… pour qui ?
Si c’est toi qui écris, j’imagine que c’est sympa pour toi de faire ces références.
Sont-elles utiles à l’intrigue ? ou sont-elles là pour signifier que tu as d’autres fandoms que tu aimes et que tu veux glisser l’info en passant ?
Si c’est « l’info en passant », elles ne sont pas utiles à proprement parler.
Tout ce qui peut être supprimé du scénario, sans qu’il ne devienne bancal et incompréhensible, n’est pas « utile » au sens strict.
Cela ne veut pas dire qu’un scénario ne puisse pas avoir quelques fioritures et décorations qui te le rendent plaisant.
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Ces références sont-elles utiles pour des lecteurs ?
Et quels lecteurs ? Ceux qui te connaissent personnellement, ceux qui connaissent 2 fandoms du crossover principal, ceux qui n’en ont qu’un seul ?
Si oui et si tu veux que tes lecteurs comprennent où tu veux en venir et la pertinence de tes choix, il va falloir que tu les expliques dans l’intrigue, que ce soit amené intelligement.
Si c’est un peu superflu, tu as le devoir moral de donner les explications en appel de note, si tu prends tes lecteurs au sérieux, si tu as envie qu’ils (te) suivent.
C’est souvent frustrant de penser que nos lecteurs n’auront pas les références que l’on pourrait glisser (catchprase, paroles de chanson, allusion à un objet, une situation…).
Mais il faut l’admettre, et écrire de telle sorte que ceux qui ont eu la gentillesse de rester, puissent continuer à le faire sans que l’absence de la référence dans leur culture personnelle ne soit un facteur bloquant qui sape leur intérêt.
Une bien longue réponse, ma foi.
Elle a ses fandoms favoris, qu’elle a vus et revus, et parfois faire des crossovers ne lui semble pas suffisant pour réduire sa chance d’avoir des lecteurs !
?) Ensuite, je sépare les notes en bas de page par une ligne horizontale (Vous verrez ici les manies d’une femme qui lit beaucoup de livres 
).