Tiens, intéressant ça ! Je crois que chiara a raison 
Pour moi, il y avait 2 options : « alors qu’il savait avant même qu’elle n’achève sa phrase ce qui risquait de se produire » ou « alors qu’il avait su avant même qu’elle n’eut achevé sa phrase ce qui risquait de se produire » (si mon subjonctif est pas rouillé…).
Mais là, tu fais un mix bizarre. Ce n’est pas qu’il eut su d’ailleurs, comme la phrase n’est pas à l’imparfait ? Enfin, je mettrais savait… j’y comprends rien à ces trucs.
En fait, ce n’est pas une question d’avoir raison car les deux options sont grammaticalement correctes… Le mix n’est pas plus bizarre que de dire « j’aurais voulu qu’il vienne » (chose qu’on dit tous les jours alors qu’il faudrait dire « j’aurais voulu qu’il vînt »). Je ne pose pas la question en termes de grammaire ou de conjugaison, mais en terme de choix.
« il avait su » est du plus-que-parfait, nécessaire ici car je veux dire qu’il a su immédiatement qu’il y avait un problème, avant même de pouvoir y réfléchir. C’est un temps du passé, donc on devrait dire « il avait su avant qu’elle n’achevât / n’eût achevé » si on considère la grammaire de la 1ère moitié du XXème siècle. J’aurais aussi pu écrire « avant qu’elle n’ait achevé sa phrase » (mais ça ne résout pas mon problème de 3 verbes avoir !!!). Ou alors je mets en effet « savait » (ça affadit un peu le propos, mais tant pis), ça m’enlève un verbe avoir et je peux donc écrire « il savait avant qu’elle n’eût achevé »… Why not ? 
Est-ce que ce n’est pas « savoir » le problème ?
Il avait su, ok, mais enfin, il sait encore. L’acte de savoir n’est pas figé dans le passé, c’est donc bizarre de le ramener au temps de la révélation. Par exemple, est-ce que : « Il n’eut ni le temps ni la présence de l’arrêter, alors qu’il eut pris conscience avant même qu’elle n’achevât sa phrase de ce qui risquait de se produire ».
Ou comprendre, ça marche aussi. Dans les faits, j’ai l’impression que tu ne veux pas ramener au fait de savoir, mais au fait de l’avoir deviné, ce qui mène ensuite au savoir.
Et je t’assure que même si les deux options sont correctes, la première fois qu’on lit la phrase, on est perdu 
Il vaut mieux perdre du style que de la compréhension, car il n’y a pas plus hermétique au style qu’un lecteur qui ne comprend pas (enfin, c’est mon avis).
Non, ça, ce n’est pas correct car le passé antérieur ne peut pas être employé ici… Pour pouvoir utiliser le passé antérieur, il faut qu’il y ait ensuite une action au passé simple, comme par exemple dans la phrase « Quand il eut terminé sa lettre, il la relut et la déchira en mille morceaux. » (Et j’ai scindé le sujet en deux parce que ça s’éloigne vraiment trop de ma question initiale… )
Il manque un accent, mais du coup c’est du subjonctif plus-que-parfait, pas du passé antérieur que je voulais utiliser Ca me semblait correct, mais en même temps je fais des expérimentations…
Enfin voilà, j’utilise pas ces temps barbare, j’y comprend rien et en général en plus les lecteurs s’y perdent :x
Ah, je n’avais pas compris ! Euh… Mais ça ne fonctionne pas non plus car après « alors que » il faut l’indicatif et non le subjonctif : « Alors qu’il attend le métro, un événement insolite attire son attention. » (et non pas « alors qu’il attende le métro »)
(Oui je sais je suis relou.)
ah oui, ça c’est bon à savoir 
Du coup, j’utiliserais juste comprendre à la place de savoir, sans rien changer d’autre.
Le subjonctif de l’impar… du plus-que-parf… Enfin « j’avais su », je ne l’utiliserais que pour parler de quelqu’un qui savait, mais qui a oublié. Alors que toi, tu ramènes au fait d’avoir compris en avance, et non au fait conséquentiel de savoir. Et du coup, on se perd dans les temps, d’où le fait que Chiara pensait au « plus que passé » plutôt que dans le temps du récit je pense.
Et si " avant qu’elle n’eut fini sa phrase" se transformait en : « avant la fin de sa phrase ». C’est moins joli mais ça gomme des problèmes… ^^
@fulmineo : aaaah oui je comprends mieux, et je pense que tu as raison (mais c’est une question de lexique et non pas de conjugaison, pour le coup)…
@Angel-Dust : au risque de faire ma mégé-méga-relou, si j’écris « avant la fin de sa phrase », ça implique la fin de la phrase prononcée par le personnage dont c’est le point de vue (ce qui n’est pas le cas). Je te l’accorde, ça simplifierait grandement les choses !!!
Allez, je tente autre chose 
« Le temps et la vivacité d’esprit lui firent defaut pour l’arrêter avant qu’elle n’eut fini sa phrase, pourtant il savait bien ce qui risquait de se produire. »
Par contre, j’avoue ignorer s’il faut mettre « eut fini » au subjonctif ou laisser au passé antérieur… je dirais subjonctif… mais c’est sans certitude
Oui, oui, c’est bien au subjonctif !